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Svolta
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Nei primi del 1990, dopo stanziamenti finanziari rifiutati, promesse e i progetti mai approvati, l’intervento della Regione Campania fece ottenere un finanziamento di 187,7 miliardi delle vecchie lire (erogati ai sensi delle leggi 86/1976, 910/1986 e 211/1992) grazie ai quali vecchi e nuovi cantieri iniziarono ad aprirsi sia sulla tratta alta che su quella bassa.
Nel 1990, si registrano acquisti di nuovi rotabili e l’inizio di interventi alla linea.
In questo periodo la tratta Piedimonte Matese-S.Maria C.V., è stata più volte interrotta al fine di consentire nuovi lavori di ammodernamento e di potenziamento. Gli interventi primari sono stati: rinnovo dell'armamento dalle vecchie rotaie UNI36 su traversine in legno con rotaie UNI50 su traversine in cemento armato precompresso (c.a.p.) - brevetto Vagneux - dal km. 11+700 e km. 27+156 e delle 8 stazioni della tratta; allargamento del sottovia delle Fornaci in tenimento a S. Maria capua Vetere.
Nel 1995 iniziarono i lavori di ammodernamento e potenziamento della ferrovia Alifana riguardante la tratta Napoli - Teverola (Lotto II), con la costruzione presso il comune di Aversa della linea ferroviaria e stazione in sotterraneo per una lunghezza di 1.100m, realizzate a cielo aperto la cui opera ha comportato un movimenti di terra di m³ 161.000 e m³ 27.500 di calcestruzzo. Curioso è l’interruzione dei lavori tra la Stazione di Aversa e Teverola, dovuto al fatto che sia la ferrovia, sia il metanodotto si trovano sullo stesso livello.
Il 15 giugno 1999, presso il comune di Capua, è stato collaudato un nuovo sovrappasso sull'autostrada del Sole in occasione dei lavori per la costruzione della terza corsia.
Unica nota dolente di questi anni riguarda il traffico merci, il calo del traffico merci verificatasi nella verso la metà degli anni ottanta, porta alla soppressione anche della sola coppia di treni giornalieri che qualche volta era soppressa nel periodo estivo. Dalla metà del 1990 che sulla tratta Alifana non viene più svolto nessuna tradotta merci.
Nel luglio 2000 a Secondigliano iniziano i lavori per la realizzazione del tratto metropolitano cittadino fra Napoli Piazza Garibaldi e Piscinola e che in futuro sarà utilizzato anche dai treni di Metrocampania NordEst. Attualmente è pressoché completato il tratto Secondigliano-Capodichino (NA), con sede ferroviaria in sotterraneo a doppio binario della lunghezza complessiva di 2300m., di cui 400m. in galleria artificiale e 1900m. in galleria naturale.
Il 6 novembre 2000, si è proceduto alla sostituzione del vecchio segnalamento semaforico ad ala con i nuovi di tipo luminosi, attivati in seguito alla sostituzione del vecchio impianto di sicurezza manuale ADM (Apparato di sicurezza a leve e chiavi) con il nuovo ACEI (Apparato Centrale Elettronico ad Itinerari) della stazione di S. Maria C.V.
Il 15 novembre 2000, l’apparato ACEI viene attivato in tutte le stazioni dell’alifana. L’applicazione degli apparati ACEI, oltre a migliorare la sicurezza dei convogli in linea, comportato anche l'automazione dei passaggi a livello (PL), tranne per quelli nei pressi delle stazioni di S. Angelo in Formis, Alife e Piedimonte Matese che restano manuali, ovvero azionati con pulsante dalla rispettiva stazione.
Nel dicembre 2001 viene inaugurata la Metropolitana Regionale della Campania e, con la rielaborazione del progetto originale, la nuova ferrovia alifana viene anch’essa inserita nel nuovo sistema di metropolitana regionale.
Il 18 novembre 2003, viene attivato l'apparato ACEI anche nella stazione di Piedimonte Matese.
In questi anni si è proceduto alla costruzione di un viadotto alla progressiva km. 0+276.161, ovvero tra la fermata di Anfiteatro e la stazione di S.Maria C.V., di scavalco alla linea R.F.I, che permetterà ai treni alifani provenienti da Piedimonte Matese di raggiungere la nuova stazione di S. Maria C. V. e proseguendo per Macerata Campana, di attraversare i comuni dell'agro aversano fino a giungere a Napoli. In attesa del completamento della nuova tratta bassa, su tutta la tratta alta, è stata portata a termine anche il rinnovo dell'armamento e la posa di pali di tipo “LS” (binario di corsa) ed “M” (stazioni e portali) per la linea aerea TE.
Dal 3 Marzo 2005, la ferrovia Alifana è esercita da Metrocampania Nord-Est con licenza del Ministero dei Trasporti - Direzione Generale del Trasporto Ferroviario, rilasciata in data 13/12/2002 con numero 28. Per l’espletamento dei servizi di trasporto sulla tratta RFI, Metrocampania Nord-Est ha ricevuto in data 30/11/2004 anche la sua prima certificazione CESIFER (Certificazione di Sicurezza Imprese Ferroviarie) rilasciata da RFI - Divisione Infrastruttura - Direzione Tecnica con numero 45/2004.
Il 16 luglio 2005, dopo qualche anno di ritardo (si è dovuto procedere a demolire alcuni edifici abusivi condonati che si trovavano proprio sul tracciato), è stata inaugurata la Piscinola/Scampia–Mugnano (Km. 3+094), prima tratta interamente sotterranea della Napoli–Giugliano–Aversa-S. Maria C.V. Le due stazioni aperte, sono rispettivamente la 23ª e 24ª stazione della metropolitana regionale. Nel primo periodo di esercizio, i treni hanno una frequenza di ogni 15 minuti con un tempo di percorrenza di 5 minuti effettuati su unico binario dei due realizzati, con un unico convoglio costituito da due complessi. Piscinola è nodo di interscabio con il capolinea della metropolitana “collinare” (linea 2)
